Первую блокадную зиму подводная лодка провела в Ленинграде. 14 февраля 1942 года при стоянке у Тучкова моста в «М-96» попал снаряд, в результате чего затопило IV и V отсеки, и лодка села на грунт.

Ремонт субмарины занял около четырех месяцев, поэтому в следующий боевой поход «М-96» вышла только 12 августа 1942 года. (Линия Таллин – Хельсинки, позиция № 9). Уже 14 августа в районе маяка Порккалан-Каллбода подводная лодка атаковала одной торпедой транспорт из состава конвоя противника. Дистанция залпа составляла 12 кабельтовых. Уже через 1 минуту на «М-96» услышали сильный взрыв. После выпуска торпеды субмарина не удержалась на глубине и всплыла, показав над водой рубку. По словам командира, в этот момент он видел гибель транспорта. По данным многих источников торпедой с «М-96» был потоплен финский транспорт «Хелене» (1.850 брт), который по финским данным погиб 13 августа 1942 года у острова Рюген на британской донной мине. Иногда жертвой субмарины называют немецкую тяжелую плавбатарею «SAT-5» («Хелене») в 400 брт, которая благополучно пережила войну и была включена в состав флота, предназначенного к передаче союзникам по репарациям. В любом случае, атаке подвергся финский конвой, так как по немецким данным атака «М-96» не зафиксирована, тем более что она была произведена в зоне ответственности финнов. После выпуска торпеды сторожевые корабли контратаковали подводную лодку, сбросив на нее 9 глубинных бомб, от разрывов которых субмарина получила незначительные повреждения.

В ночь на 15 августа «М-96» перешла в район Палдиски, где обнаружила конвой противника, но в виду малой ценности целей командир от атаки отказался. 19 августа, израсходовав топливо, субмарина направилась в базу, не известив об этом командование. Вечером 22 августа в районе Лавенсари подводная лодка подверглась преследованию своих сторожевых катеров. К счастью, все обошлось, и 25 августа «М-96» благополучно ошвартовалась в Кронштадте.

В следующий боевой поход «М-96» вышла 4 ноября 1942 года. На борту субмарины находилась разведгруппа из пяти человек, задачей которой был налет на немецкий радиопост и захват шифровальной машинки «Энигма». (По воспоминаниям П.Д. Грищенко, с сентября 1943 года служившего в разведотделе штаба КБФ, эта операция проведена в начале декабря 1943 года.). Командовал разведчиками старший лейтенант М.С. Калинин, помощник командира «Щ-303», впоследствии командир ПЛ «Щ-307», Герой Советского Союза. Разведчики так же были набраны из экипажа «Ерша». Вечером 11 ноября разведгруппа высажена в районе Нарвы. Переодетые в немецкую форму разведчики Суздальцев и Охлопков добыли «языка», но после его допроса выяснилось, что необходимой информацией он не владеет. Совершив налет на штаб полка, разведчики захватили документы и пленного, (Грищенко говорит о двух пленных), но «Энигмы» не обнаружили. При возвращении разведгруппы на подводную лодку шлюпка с людьми перевернулась, трое разведчиков и захваченный ими пленный утонули. Приняв на борт оставшихся в живых, подводная лодка вернулась в Кронштадт.

В марте 1943 года командиром лодки назначен капитан-лейтенант Карташов Николай Иванович, а Маринеско принял «С-13»
В 1943 году «М-96» совершила два похода. Так как противник создал в Финском заливе мощные противолодочные заграждения, «малютки» действовали на мелководье, занимаясь визуальной разведкой.

Первый поход с новым командиром прошел не совсем гладко. 19 июля 1943 года в районе банки Туолюла подлодка села на мель, повредив винт, ограждения рулей и корпус. Выполнив задачу по разведке района Хапасарских шхер, в ночь на 21 июля «М-96» прибыла на Лавенсари, а затем перешла в Кронштадт, где была поставлена в док.

Второй поход кампании 1943 года проходил в районе острова Гогланд. Днем 28 августа субмарина прибыла на позицию, и на следующую ночь высадила на Гогланде группу разведчиков. 30 августа «М-96» сместилась к маяку Тийскери, где неоднократно обнаруживала сторожевые катера противника. В ночь на 1 сентября подводная лодка высадила на Гогланде вторую разведгруппу, после чего направилась в базу.

В свой последний боевой поход с задачей разведки минных заграждений в Нарвском заливе «М-96» вышла 7 сентября 1944 года. На борту субмарины в качестве обеспечивающего в море вышел оператор бригады ПЛ капитан 2 ранга Н.Н. Бутышкин. Назад лодка не вернулась. Вероятно, «М-96» погибла, подорвавшись на мине заграждения «Зееигель» в Нарвском заливе 7-9 сентября 1944 года. Вместе с «М-96» на дне покоится 22 члена экипажа субмарины.

http://town.ural.ru/ship/ship/m96.php3